對此，《城市房地產抵押管理辦法》第34條給出這樣一種處理方法，即“以預售商品房或者在建工程抵押的，登記機關應當在抵押合同上作記載。抵押的房地產在抵押期間竣工的，當事人應當在抵押人領取房地產權屬證書后，重新辦理房地產抵押登記。”按照這一規定，似乎應當是先注銷在建工程抵押權，然后再辦理新的房地產抵押登記。
我們認為，這一規定是不合理的。其不利于維護在建工程抵押權人的合法權益。因為重新辦理房地產抵押登記，必然導致在建工程抵押權人的優先順位喪失，而且在注銷原抵押權登記和辦理新抵押權登記的時間差中，可能發生該房屋被法院查封或者轉讓的情形，這對于抵押權人將有嚴重的損害。因此《房屋登記辦法》第62條改變了《辦法》的規定，而是其中規定：“在建工程竣工并經房屋所有權初始登記后，當事人應當申請將在建工程抵押權登記轉為房屋抵押權登記。”
所謂“將在建工程抵押權轉為房屋抵押權登記”，應當結合《房屋登記辦法》第68條第2款的規定來理解。即房屋登記機構應當按照在建工程抵押權登記事項辦理相應的房屋抵押權登記。首先，原先在建工程抵押權的內容不變，包括抵押財產的范圍、擔保的范圍，擔保的金額。其次，抵押權的順位不變，原來的順位是第一順位，現在仍然是第一順位。依據《物權法》第199條規定，同一財產向兩個以上債權人抵押的，如果抵押權已經登記的，拍賣、變賣抵押財產所得的價款按照登記的先后順序清償;順序相同的，按照債權比例清償。此外，《物權法》第14條規定“：不動產物權的設立、變更、轉讓和消滅，依照法律規定應當登記的，自記載于不動產登記簿時發生效力。”所以，在房屋登記中，決定同一房屋上各個抵押權順位的關鍵標準是“記載于不動產登記簿的時間”，即《房屋登記辦法》第44條規定的“登記時間”。因此，在建工程抵押權轉為房屋抵押權登記時，登記時間不應改變，從而確保抵押權人的順位。
