由于房屋是重要的不動產(chǎn)，與之相關(guān)的交易活動極為普遍，因而房產(chǎn)證在交易活動中得到廣泛的運用。但在目前的實務(wù)中，對房產(chǎn)證的認識與其性質(zhì)相悖之處仍嫌較多，歸納起來主要有兩類：
其一，顛倒房產(chǎn)證和不動產(chǎn)登記簿的關(guān)系，以為房產(chǎn)證是證明房屋所有權(quán)的唯一合法憑證，登記簿只是房產(chǎn)證的檔案。例如，在實務(wù)中判斷一個人是否擁有特定房屋的所有權(quán)時，以為是否持有房產(chǎn)證就是根本依據(jù)。
其二，混淆證書與證券的性質(zhì)，以為房產(chǎn)證具有證券的性質(zhì)與作用，可以代表其上記載的房屋所有權(quán)。例如，在房屋買賣中，以為房產(chǎn)證的交付具有房屋所有權(quán)移轉(zhuǎn)的效力;或者在房屋抵押中，以為房產(chǎn)證交給抵押權(quán)人占有具有設(shè)定抵押權(quán)的效力。
按照我國現(xiàn)行的房屋所有權(quán)登記制度，房屋登記是城鎮(zhèn)房屋權(quán)利歸屬的法定公示方法。
在以房屋為標的物的交易活動中，以房屋為標的物的物權(quán)取得、設(shè)定、變動等，須經(jīng)登記始發(fā)生物權(quán)法上的效力。所以，房屋所有權(quán)歸屬的確認須以登記簿上的記載為準。
房產(chǎn)證作為一種證書，雖然可以證明房屋所有權(quán)歸屬于誰的法律事實，但其證明力的依據(jù)是其上記載與登記簿上的記載具有一致性。如果離開了不動產(chǎn)登記簿或與登記簿的記載不相一致，房產(chǎn)證在交易活動中就失去了對房屋權(quán)利歸屬的證明力，而只能成為向登記機關(guān)請求確權(quán)的證明文件。如果登記簿上未作變更，房產(chǎn)證自身任何單獨的變更均不產(chǎn)生物權(quán)法上的效力。例如，在房屋買賣時，房產(chǎn)證的交付并不產(chǎn)生房屋所有權(quán)移轉(zhuǎn)的效果，房產(chǎn)證受讓人并不能以取得出賣人的房產(chǎn)證為由，主張其已經(jīng)取得房屋所有權(quán)。房產(chǎn)證遺失后，房屋所有權(quán)人并不因此失去房屋所有權(quán)，權(quán)利人可根據(jù)登記簿的記載主張和行使權(quán)利，并可要求機關(guān)根據(jù)登記簿上的記載補發(fā)房產(chǎn)證。
可見，房產(chǎn)證不能脫離登記簿的記載而發(fā)揮其證明作用。
所謂“房屋權(quán)屬證書是權(quán)利人依法擁有房屋所有權(quán)并對房屋行使占有、使用、收益和處分權(quán)利的唯一合法憑證”的規(guī)定，實際上顛倒了房產(chǎn)證和不動產(chǎn)登記簿的關(guān)系，誤解了物權(quán)公示的原則、意義和適用規(guī)則。房產(chǎn)證也不具有代表房屋所有權(quán)的功能，這一點與證券大不相同。
同是書面憑證，證書與證券在性質(zhì)上的主要區(qū)別是：證書僅僅是證明法律事實的書面憑證，房產(chǎn)證作為權(quán)利證書，只能證明特定房屋所有權(quán)歸屬于誰，而不能代表其上記載的權(quán)利;證券不僅能夠證明權(quán)利的歸屬，如當事人在訴訟中即使只有持有證券這一孤證，亦可充分證明其擁有證券上的權(quán)利， 而且還能代表其上記載的權(quán)利，移轉(zhuǎn)交付證券即產(chǎn)生權(quán)利移轉(zhuǎn)的效力。
當然，在與房屋有關(guān)的交易活動中，房產(chǎn)證還是能夠起到一定的證明作用。但是，房產(chǎn)證所起到的只是初步的證明作用。在房屋買賣的締約過程開始時，欲出賣房屋的一方出示房產(chǎn)證，可以初步證明自己是房屋所有權(quán)人，有關(guān)的締約談判可以據(jù)此展開。
如果雙方初步達成一致并且準備簽訂房屋買賣合同時，一方當事人不應(yīng)只根據(jù)對方房產(chǎn)證的記載就與之訂立合同，而應(yīng)當?shù)椒康禺a(chǎn)主管機關(guān)查閱房屋登記簿，以了解對方是否為真正的房屋所有權(quán)人、該房屋上是否設(shè)定了抵押等情況，因為只有登記簿上的記載才是具有公信力的權(quán)利歸屬證明。
在房屋買賣合同履行時，賣方向買方交付房產(chǎn)證，并不產(chǎn)生 房屋所有權(quán)移轉(zhuǎn)的法律效果，必須在不動產(chǎn)登記簿上進行所有權(quán)主體的變更登記(即通常所說的“過戶登記”)，才能產(chǎn)生房屋所有權(quán)移轉(zhuǎn)的法律效力。
嚴格說來，在房屋所有權(quán)移轉(zhuǎn)過程中，房產(chǎn)證是不能隨之移轉(zhuǎn)的，房地產(chǎn)主管機關(guān)在進行過戶登記之后，不應(yīng)將賣方原先持有的房產(chǎn)證經(jīng)變更記載后轉(zhuǎn)交給買方，而應(yīng)當將賣方原先持有的房產(chǎn)證收回，再向買方發(fā)放新的房產(chǎn)證?？梢?，在房屋交易過程中，房產(chǎn)證的證明作用是極為有限的，遠不如生活中常見的其他一些證書，如身份證、畢業(yè)證、合同書等。當然，盡管房產(chǎn)證的交付不具有物權(quán)法上的效力，但在審判實踐中據(jù)此判斷是否存在債的關(guān)系方面，還是有一定的證明意義。
例如，房產(chǎn)證的交付可以證明雙方當事人之間可能存在房屋買賣合同關(guān)系，可以證明賣方有交付房屋所有權(quán)的意思表示;在涉及房屋抵押的交易活動中，抵押權(quán)人占有房產(chǎn)證可以證明抵押合同關(guān)系的存在等等。
