(一)租金支付糾紛。這是房地產租賃中最為常見的糾紛。出現租金支付糾紛后大致會出現三種處理方法，(1)租賃雙方協商一致，要么房客及時付清租金，要么房東同意延期支付，不涉及租賃合同的其他方面。(2)比前一種情況更進一步，在解決如何支付拖欠租金的同時，租賃雙方還就由此產生的違約責任問題，在分清責任的前提下一并解決，并繼續履行租賃合同。(3)解除租賃合同。這主要是租賃雙方失去繼續履行合同的基礎，或由雙方協商解除合同，或由一方起訴從而終止租賃關系。
(二)損害賠償糾紛。房地產租賃關系中的損害賠償糾紛同其他法律關系中的損害賠償一樣，主要是由侵權行為引起的，常見的有房屋損壞賠償、人身或財物損害賠償、侵犯房屋共有人合法權益賠償等。從司法實踐看，目前頗有爭議的是租賃關系結束后，房客對房屋所作的裝修如何賠償。對此，法律法規并無明文規定，目前只有上海市高級人民法院內部對此有審判指導意見，大致內容是，凡是房東同意房客裝修的，無論什么原因提前解除合同，房東都要向房客賠償經評估后的裝修費的殘值部分，以此體現公平原則;但如果合同對此有約定的，按約定處理。筆者認為，這一規定未必能體現公平原則，因為如果是因房客拖欠租金造成合同提前解除的，而房東又并不需要房客對房屋所作的那些裝修，那么要房東賠償房客的裝修殘值(該殘值可能是80%或者90%)就有所不公，否則豈非保護了合同違約方而損害了守合同條約方的利益。
(三)其他方面的糾紛。房地產租賃除前述違約金和損害賠償糾紛外，還有諸如房地產租賃期間出售的優先權糾紛、轉租糾紛、變更房屋用途糾紛以及租賃合同未經登記致使承租人不能對抗第三人的糾紛等。
