由于《物權法》并未禁止在同一不動產上設定兩個以上抵押權，因此在不同的抵押權之間就產生了順位問題。
首先，抵押權人與抵押人可以協議變更抵押權順位。根據《物權法》第194條的規定，抵押權人可以放棄抵押權或者抵押權的順位，但有兩種限制情形：其一，抵押權人與抵押人可以協議變更抵押權順位以及被擔保的債權數額等內容，但抵押權的變更，未經其他抵押權人書面同意，不得對其他抵押權人產生不利影響。其二，債務人以自己的財產設定抵押，抵押權人放棄該抵押權、抵押權順位或者變更抵押權的，其他擔保人在抵押權人喪失優先受償權益的范圍內免除擔保責任，但其他擔保人承諾仍然提供擔保的除外。
其次，《物權法》還規定了抵押權實現時的清償順序。根據《物權法》第190條的規定，同一財產向兩個以上債權人抵押的，拍賣、變賣抵押財產所得的價款依照下列規定清償：(1)抵押權已登記的，按照登記的先后順序清償；順序相同的，按照債權比例清償；(2)抵押權已登記的先于未登記的受償；(3)抵押權未登記的，按照債權比例清償。應當注意的是，抵押權均未登記的情況，《物權法》改變了《擔保法》中按合同生效時間順序清償的做法，一律視為相同順序，按債權比例清償。
