違章建筑最主要的特征就是不具有合法性，即違章建筑是不受法律保護的。但是，違章建筑不受法律保護，并不等于允許公民、法人可以故意毀損、拆除違章建筑。根據法律規定，對違章建筑的確認和處理，只能由土地、城市建設等相關行政主管部門和人民法院進行。
如果公民、法人以違章建筑不合法為由，故意毀損、拆除違章建筑，實質上是濫用了有關行政主管部門的行政管理權，其行為違反了我國土地管理法、城市規劃法等法律、法規的有關規定，應當承擔一定的賠償責任。由于違章建筑被毀損后受法律保護的程度與合法建筑相比是有所區別的，因此，毀損違章建筑的索賠，只能是對建筑材料被毀損所造成的損失，而不能要求賠償整個建筑物的完全損失，更不能適用恢復原狀的方法。
當他人的違章建筑侵害自己的合法權益時，應當通過合法的途徑，如請求土地、城市建設行政管理部門處理或直接向人民法院提起排除妨礙的訴訟予以解決，以保護自己的合法權益，不應私自毀損、拆除違章建筑，這既不利于自己權益的保護，還使自己成了侵權人，給自己造成損失。
